Figlio di Tolomeo V e di Cleopatra I Siria, figlia di Antioco il Grande, che ne assunse la reggenza (il faraone aveva 5 o 6 anni!).

Cleopatra continuo' una politica filoromana fino alla sua morte nel 176 a.C. anno in cui la reggenza venne assunta da due suoi favoriti, l' eunuco Euleo e il siriaco Leneo; questi persero a Pelusio uno scontro con Antioco IV , nel corso del quale venne fatto prigioniero lo stesso Tolomeo VI, che pero' venne rimesso sul trono a Menfi.

Intanto ad Alessandria i due reggenti furono deposti o assassinati, col risultato che sul trono venne messo il fratellino di Tolomeo VI, Tolomeo VII Evergete, sotto, naturalmente la reggenza di due tutori, tali Comano e Cinea.

Antioco IV, sostenitore di Tolomeo VI, marcia allora su Alessandria saccheggiando il Paese; non porto' pero' a termine l'impresa richiamato a Menfi dai disordini vari che lo costringeranno, piu' tardi a lasciare l'Egitto abbandonandolo cosi' in mano a due faraoni fratelli, uno a Menfi e l'altro ad Alessandria.